Iki 2006 m. Kauno „Jėgeriai“ buvo Kauno FBK dublerine komanda. 2007 m. sukūrus dublerių lygą, klubas perkurtas kaip Kauno „Spyris“, o klubo komanda pavadinta Kauno „Jėgeriais“ dar dvejus metus žaidė I lygoje.
2009 m. pradžioje komanda pasitraukė iš LFF I lygos licencijavimo proceso ir neteko vietos lygoje.
