1998-1999 m. Lietuvos lyga – Lietuvos 1 lygmens varžybos, 18 A lygos sezonas. 14 komandų varžybos prasidėjo 1998 m. liepos 10 d. ir tęsėsi iki 1999 m. birželio 13 d. Prieš šį sezoną organizuotos 2011 m. LFF A lygos varžybos, kitą sezoną - 1961-1962 m. A klasė.
Iš viso šį sezoną buvo sužaistos 143 rungtynės, įmušti 427 įvarčiai.Rungtynės, kuriose svečiams pavyko pelnyti daugiausiai įvarčių – 0 : 10 (1999 m. balandžio 10 d. Vilniaus „Žalgiris-2“ - Vilniaus „Žalgiris“)Ilgiausia pralaimėjimų seka – 11 rungtynių (Vilniaus „Lokomotyvas-Legela“ - nuo 1999 m. balandžio 3 d. iki 1999 m. birželio 3 d.)
