1999 m. LFF I lyga – Lietuvos 2 lygmens varžybos, 4 I lygos sezonas. 15 komandų varžybos prasidėjo 1999 m. liepos 31 d. ir tęsėsi iki 1999 m. spalio 31 d. Prieš šį sezoną organizuotos 2004 m. LFF I lygos varžybos, kitą sezoną - 2000 m. LFF I lyga.
Iš viso šį sezoną buvo sužaistos 103 rungtynės, įmušta 290 įvarčių.Rungtynės, kuriose namų komandai pavyko pelnyti daugiausiai įvarčių – 7 : 2 (1999 m. rugsėjo 26 d. Kalvarijos „Pieno Cechas“ - Kauno „Atletas“)Ilgiausia pergalių seka – 9 rungtynės (Kauno „Jėgeriai“ - nuo 1999 m. liepos 31 d. iki 1999 m. rugsėjo 26 d. ir Tauragės „Tauras“ - nuo 1999 m. rugsėjo 5 d. iki 1999 m. spalio 23 d.)
