1999 m. LFF I lyga – Lietuvos 2 lygmens varžybos, 3 I lygos sezonas. 15 komandų varžybos prasidėjo 1999 m. liepos 31 d. ir tęsėsi iki 1999 m. spalio 31 d. Prieš šį sezoną organizuotos 2004 m. LFF I lygos varžybos, kitą sezoną - 2000 m. LFF I lyga.
Iš viso šį sezoną buvo sužaistos 103 rungtynės, įmušta 290 įvarčių.Šio sezono pralaimėjimas didžiausiu skirtumu – 6 : 0 (1999 m. rugpjūčio 15 d. Vilniaus „Geležinis Vilkas“ - Visagino „Interas“)Ilgiausia seka be pralaimėjimų – 14 rungtynių (Kauno „Jėgeriai“ - nuo 1999 m. liepos 31 d. iki 1999 m. spalio 31 d.)