2006 m. Baltijos čempionų taurė – 1 Baltijos šalių čempionų taurės sezonas. 3 komandų varžybos prasidėjo 2006 m. rugpjūčio 10 d. ir tęsėsi iki 2006 m. rugpjūčio 12 d. Sekantis varžybų sezonas - 2010 m. Baltijos čempionų taurė.
Iš viso šį sezoną buvo sužaistos 3 rungtynės, įmušta 14 įvarčių.Ilgiausia sezono seka be pergalių – 2 rungtynės (Talino TVMK - nuo 2006 m. rugpjūčio 10 d. iki 2006 m. rugpjūčio 11 d.)Ilgiausia seka be pralaimėjimų – 2 rungtynės (Liepojos „Metalurgs“ - nuo 2006 m. rugpjūčio 10 d. iki 2006 m. rugpjūčio 12 d. ir Panevėžio „Ekranas“ - nuo 2006 m. rugpjūčio 11 d. iki 2006 m. rugpjūčio 12 d.)
