2016 m. LFF III Lygos MAFF pirmenybės – LFF III lygos varžybų dalis. 4 komandų varžybos prasidėjo 2016 m. birželio 7 d. ir tęsėsi iki 2016 m. spalio 3 d. Prieš šį sezoną organizuotos 1994-1995 m. IV lygos Klaipėdos zonos varžybos, kitą sezoną - 1998-1999 m. IV lygos Utenos apskrities pirmenybės.
Iš viso buvo sužaista 18 rungtynių, įmušti 93 įvarčiai.Rungtynės, kuriose svečiams pavyko pelnyti daugiausiai įvarčių – 0 : 7 (2016 m. liepos 4 d. Marijampolės „Eurostandartas“ - Marijampolės „Švyturys“)Daugiausiai rungtynių nepelnant įvarčių – 6 rungtynės (Kalvarijos „Orija“ - nuo 2016 m. birželio 7 d. iki 2016 m. liepos 11 d.)