2008-2009 m. Salės II lyga – 3 Salės II lygos sezonas. 17 komandų varžybos prasidėjo 2008 m. lapkričio mėn. ir tęsėsi iki 2009 m. kovo mėn. Prieš šį sezoną organizuotos 2006-2007 m. Salės II lygos A grupės varžybos, kitą sezoną - 2007-2008 m. Salės II lygos A grupė.
Iš viso šį sezoną buvo sužaistos 136 rungtynės, įmušti 1963 įvarčiai.Rungtynės, kuriose svečiams pavyko pelnyti daugiausiai įvarčių – 6 : 18 (2008 m. gruodžio 22 d. Vilniaus „Gmifas“ - Vilniaus „Igol“)Rezultatyviausios sezono rungtynės – 20 : 11 (2009 m. sausio 11 d. Vilniaus „Olimpija“ - Šalčininkėlių „Šalčia“)