2006 m. NFKA A lyga – Lietuvos 1 lygmens varžybos, 13 A lygos sezonas. 10 komandų varžybos prasidėjo 2006 m. balandžio 15 d. ir tęsėsi iki 2006 m. lapkričio 12 d. Prieš šį sezoną organizuotos 1942 m. Panevėžio apygardos pirmenybių varžybos, kitą sezoną - 1952 m. A klasė.
Iš viso buvo sužaista 180 rungtynių, įmuštas 491 įvartis.Daugiausiai rungtynių pelnant bent vieną įvartį – 18 rungtynių (Kauno FBK - nuo 2006 m. balandžio 15 d. iki 2006 m. birželio 28 d.)Daugiausiai rungtynių nepelnant įvarčių – 4 rungtynės (Šiaulių FK - nuo 2006 m. spalio 15 d. iki 2006 m. spalio 28 d.)