2006 m. NFKA A lyga – Lietuvos 1 lygmens varžybos, 13 A lygos sezonas. 10 komandų varžybos prasidėjo 2006 m. balandžio 15 d. ir tęsėsi iki 2006 m. lapkričio 12 d. Prieš šį sezoną organizuotos 1942 m. Panevėžio apygardos pirmenybių varžybos, kitą sezoną - 1952 m. A klasė.
Iš viso buvo sužaista 180 rungtynių, įmuštas 491 įvartis.Ilgiausia pergalių seka – 10 rungtynių (Kauno FBK - nuo 2006 m. balandžio 15 d. iki 2006 m. gegužės 24 d.)Ilgiausia sezono seka be pergalių – 14 rungtynių (Kėdainių „Nevėžis“ - nuo 2006 m. rugpjūčio 11 d. iki 2006 m. lapkričio 5 d.)
