2003 m. II lygos zonų nugalėtojų turnyras – LFF II lygos varžybų dalis. 4 komandų varžybos prasidėjo 2003 m. spalio 17 d. ir tęsėsi iki 2003 m. spalio 19 d. Prieš šį sezoną organizuotos 2001 m. LFF II lygos Rytų zonos varžybos, kitą sezoną - 1999 m. LFF II lygos Vakarų zona.
Iš viso šį sezoną buvo sužaistos 6 rungtynės, įmušti 23 įvarčiai.Šio sezono pralaimėjimas didžiausiu skirtumu – 2 : 6 (2003 m. spalio 19 d. Mažeikių FK - Alytaus „Alytis“)Rezultatyviausios sezono rungtynės – 2 : 6 (2003 m. spalio 19 d. Mažeikių FK - Alytaus „Alytis“)