2000 m. LFF II lygos Pietų zona – LFF II lygos varžybų dalis. 9 komandų varžybos prasidėjo 2000 m. balandžio 28 d. ir tęsėsi iki 2000 m. lapkričio 4 d. Prieš šį sezoną organizuotos 2003 m. LFF II lygos varžybos, kitą sezoną - 1999 m. LFF II lyga.