1999 m. Moterų futbolo čempionatas – Lietuvos 1 lygmens varžybos, 6 Moterų futbolo A lygos sezonas. 4 komandų varžybos prasidėjo 1999 m. rugsėjo 4 d. ir tęsėsi iki 1999 m. spalio 23 d. Prieš šį sezoną organizuotos 2001 m. Moterų futbolo čempionato varžybos, kitą sezoną - 2000 m. Moterų futbolo čempionatas.
Iš viso buvo sužaista 12 rungtynių, įmušti 48 įvarčiai.Daugiausiai rungtynių nepelnant įvarčių – 2 rungtynės (Nemenčinės „Rūta“ - nuo 1999 m. rugsėjo 25 d. iki 1999 m. spalio 2 d.)Rungtynės, kuriose svečiams pavyko pelnyti daugiausiai įvarčių – 1 : 7 (1999 m. spalio 9 d. Nemenčinės „Rūta“ - Šiaulių „Gintra-Šiauliai“)