1999 m. LFF lyga – Lietuvos 1 lygmens varžybos, 7 A lygos sezonas. 10 komandų varžybos prasidėjo 1999 m. liepos 5 d. ir tęsėsi iki 1999 m. lapkričio 14 d. Prieš šį sezoną organizuotos 2000 m. LFF lygos varžybos, kitą sezoną - 1948 m. I grupės Pietų pogrupis.
Iš viso šį sezoną buvo sužaistos 89 rungtynės, įmušti 222 įvarčiai.Ilgiausia pergalių seka – 7 rungtynės (Kauno FBK - nuo 1999 m. liepos 10 d. iki 1999 m. rugsėjo 19 d.)Daugiausiai rungtynių nepelnant įvarčių – 6 rungtynės (Vilniaus „Ardena“ - nuo 1999 m. rugsėjo 11 d. iki 1999 m. spalio 16 d.)
