1999 m. LFF lyga – Lietuvos 1 lygmens varžybos, 2 A lygos sezonas. 10 komandų varžybos prasidėjo 1999 m. liepos 5 d. ir tęsėsi iki 1999 m. lapkričio 14 d. Prieš šį sezoną organizuotos 2000 m. LFF lygos varžybos, kitą sezoną - 2005 m. NFKA A lyga.
Iš viso šį sezoną buvo sužaistos 89 rungtynės, įmušti 222 įvarčiai.Daugiausiai rungtynių nepelnant įvarčių – 6 rungtynės (Vilniaus „Ardena“ - nuo 1999 m. rugsėjo 11 d. iki 1999 m. spalio 16 d.)Daugiausiai rungtynių pelnant bent vieną įvartį – 7 rungtynės (Kauno „Inkaras“ - nuo 1999 m. liepos 5 d. iki 1999 m. rugpjūčio 16 d. ir nuo 1999 m. rugpjūčio 28 d. iki 1999 m. spalio 20 d. ir Kauno FBK - nuo 1999 m. liepos 10 d. iki 1999 m. rugsėjo 19 d.)
