1998-1999 m. IV lygos Vilniaus apskrities A grupė – IV lygos Vilniaus apskrities pirmenybių varžybų dalis. 10 komandų varžybos prasidėjo 1999 m. ir tęsėsi iki 1999 m. birželio mėn. Prieš šį sezoną organizuotos 1995-1996 m. Lietuvos IV lygos varžybos, kitą sezoną - 2009 m. Vilniaus apskrities B grupė.