1998-1999 m. IV lygos Kauno apskrities grupė – IV lygos Kauno apskrities pirmenybių varžybų dalis. 4 komandų varžybos prasidėjo 1999 m. ir tęsėsi iki 1999 m. birželio mėn. Prieš šį sezoną organizuotos 2015 m. Marijampolės apskrities čempionato finalinio etapo varžybos, kitą sezoną - 2009 m. Alytaus apskrities pirmenybės.